依照《中华人民共和国自然保护区管理条例》，雾灵山保护区管理机构为县处级管理局，隶属河北省林业局直接领导，实行管理局——管理区——管理站三级管理体系。管理局下设行政办公室、计划财务科、宣传教育科、资源管理科、多种经营科、基础建设科、公安分局、防火办、科研所、党委办公室、纪检监察室11个科室、东梅寺管理区、大沟管理区2个管理区。